Sejarah singkat STTAL diawali dengan suatu peristiwa di mana pada tahun 1964 Angkatan Laut Republik Indonesia di bawah Menteri/Panglima Angkatan Laut Laksamana R.E. Martadinata menyadari sepenuhnya bahwa peralatan kesenjataan dan material yang digunakan oleh Angkatan Laut pada waktu itu semakin lama semakin modern dan canggih teknologinya. Menyikapi akan kondisi tersebut maka diperlukan tenaga-tenaga yang memiliki ilmu pengetahuan yang memadai dan ketrampilan untuk dapat menangani peralatan kesenjataan baik sebagai tenaga operasional, pemeliharaan dan perbaikan maupun pengembangannya. Penyediaan tenaga yang sesuai dengan tuntutan perkembangan teknologi merupakan tantangan bagi TNI AL pada masa itu, oleh karenanya pemimpin TNI AL merasa perlu adanya wadah tersendiri yang akan menghasilkan tenaga ahli dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi kemiliteran, kemaritiman dan keangkatanlautan.
Berdasarkan pola pemikiran tersebut dibentuklah Panitia Perumus Pendidikan Lanjutan yang diketuai oleh Kolonel Laut (E) Suparno dengan Surat Keputusan Menteri Panglima Angkatan Laut No. 5420.24 tanggal 24 Agustus 1964. Panitia Perumus tersebut mengusulkan tempat penyelenggaraan Pendidikan Lanjutan di komplek SESKOAL Cipulir-Jakarta. Sebagai tindak lanjut dibentuklah suatu gugus tugas dengan Surat Perintah Deputi II Men/Pangal Nomor: P.22/ 8/ 12 tanggal 2 Oktober 1964 yang anggotanya, meliputi: Laksda Suyono Suparto, Mayor Laut Soewarso M.Sc., Mayor Laut F.M. Parapat Phd., Kapten Laut Dr.A.J.Supardi, Kapten Laut Eduard Mambo, Kapten Laut Robert Liem, Dipl.Ing, Kapten Laut Ir. Lie Kok Toen, Kapten Laut Ir. Samri Leman dan Kapten Laut M.A. Tamimi Dipl.Ing. Hasil dari gugus tugas tersebut adalah keluarnya Surat Keputusan Menteri/Panglima Angkatan Laut Nomor: 5401.36 tanggal 10 Nopember 1965 tentang berdirinya Institut Ilmiah Angkatan Laut (IIAL).
Saat yang paling bersejarah bagi TNI AL khususnya STTAL adalah peresmian pembukaan IIAL Angkatan I pada tanggal 15 Maret 1966 di Aula Yos Sudarso SESKOAL Cipulir oleh Menteri/Panglima Angkatan Laut Laksamana Mulyadi dengan Surat Keputusan No. 1520.11 tanggal 28 Februari 1966, yang dibuka dalam tiga jurusan, yaitu: Jurusan Teknik Mesin, Teknik Elektro, dan Teknik Kimia. Pembukaan IIAL Angkatan I pada tanggal 15 Maret 1966 inilah yang kemudian dijadikan sebagai hari jadi IIAL/STTAL dimana secara resmi dimulai kegiatan pembelajaran.
Dalam perkembangannya untuk mendapatkan pengakuan (akreditasi) dari Departemen P dan K berdasarkan saran dari Ditjen Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) pada waktu itu, IIAL berubah nama menjadi STTAL (Sekolah Tinggi Teknologi Angkatan Laut). Pengakuan dari Departemen P dan K tersebut terwujud dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Bersama antara Panglima Angkatan Laut Republik Indonesia dengan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 1520.20 dan Nomor: I/KB/PK/68 tanggal 14 Nopember 1968 tentang Sekolah Tinggi Teknologi Angkatan Laut. Didalam keputusan tersebut ditetapkan bahwa:
Pertama, Sekolah Tinggi Teknologi Angkatan Laut sebagai program edukasional reguler dari IIAL diselenggarakan oleh Angkatan Laut Republik Indonesia dengan tingkat studi sebagai “Post-BaccalaureateStudy” selama tiga tahun dan dengan kebulatan sebagai sarjana lengkap.
Kedua, Sekolah Tinggi Teknologi Angkatan Laut berkedudukan sebagai Perguruan Tinggi Kedinasan.
Ketiga, untuk bimbingan akademis, Sekolah Tinggi Teknologi Angkatan Laut bekerja sama dengan Institut Teknologi Bandung (STTAL).
Keempat, segala biaya yang diperlukan untuk penyelenggaraan Sekolah Tinggi Teknologi Angkatan Laut dibebankan pada anggaran Angkatan Laut Republik Indonesia.
Pada awal pembentukan STTAL/IIAL, SESKOAL dan SEKUAL merupakan komponen pendidikan LEMHANMAR sebagai pelaksana dalam bidang pendidikan lanjutan, penelitian dan pengembangan IPTEK. Dalam perkembangan selanjutnya LEMHANMAR dibubarkan pada tahun 1970, dan dibentuklah Komando Pengembangan dan Pendidikan Angkatan Laut (KOBANGDIKAL) berdasarkan Keppres No. 79 tahun 1969 tentang organisasi Departemen Hankam. Maka berdasarkan Surat Keputusan Danjen Kobangdikal Nomor: Skep/1502.63/BDIK/V/1972 tanggal 10 Mei 1972 secara organisatoris dan administratif STTAL/IIAL berada dibawah Danjen Kobangdikal. Program pendidikan STTAL/IIAL Angkatan I (1966) sampai dengan Angkatan VII dilaksanakan di kampus SESKOAL Cipulir-Jakarta. Dengan telah selesainya pembangunan gedung kampus STTAL yang berada di komplek Kobangdikal Bumimoro-Surabaya maka sejak tahun 1985 (STTAL Angkatan VIII) pendidikan dilaksanakan di Kobangdikal Surabaya. STTAL selanjutnya setahap demi setahap mengalami perubahan dan perkembangan yang cukup pesat serta memiliki peranan yang sangat strategis dalam dinamika pembangunan nasional.
Dalam perkembangannya, pada tahun 1998 berdasarkan Surat Keputusan Kepala Staf Angkatan Laut Nomor Skep/756/III/1998 tanggal 30 Maret 1998, STTAL membuka jurusan/program studi Teknik Mesin, Teknik Elektro dan Teknik Manajemen Industri dan Hidrografi. Pembukaan tersebut mendapatkan persetujuan dari Dirjen Dikti Departemen Pendidikan dan Kebudayaan melalui Surat nomor 2664/DIT/1999 tanggal 22 Oktober 1999, yang menyetujui pembukaan jurusan/program studi S1 di lingkungan STTAL meliputi: Jurusan/Program Studi Teknik Mesin, Teknik Elektro, Teknik Manajemen Industri, dan Hidrografi. Para mahasiswa yang menempuh program studi S1 di STTAL berasal dari strata Perwira dengan pangkat Lettu sampai dengan Kapten lulusan Akademi Angkatan Laut (AAL), Akademi Militer (AKMIL), dan Akademi Angkatan Udara (AAU) yang waktu itu masih diakui strata Diploma tiga.
Pada tahun 2005, STTAL membuka program Diploma tiga (DIII). Program DIII mendapatkan persetujuan dari Ditjen Dikti berdasarkan Surat Ditjen Dikti Departemen Pendidikan Nasional Nomor 1946/D/T/2009 tanggal 30 Oktober 2009. STTAL membuka program DIII, dengan program studi meliputi: Teknik Mesin, Teknik Informatika, Teknik Elektronika, dan Hidro Oseanografi. Para mahasiswa program diploma tiga tersebut berasal dari prajurit TNI AL, TNI AD, TNI AU, dan Polri pada strata Bintara dengan pangkat Sertu sampai dengan Serma.
Pada tahun 2012, karena terdapat perubahan dalam persyaratan akreditasi, maka STTAL diwajibkan memperbarui ijin operasional program studinya, baik DIII maupun S1. Berdasarkan Surat Dirjen Dikti Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 7212/E2.3/T/2012 tanggal 16 Oktober 2012 diperoleh Rekomendasi Perpanjangan Izin Program Studi S1 di STTAL Surabaya, dan berdasarkan Surat Dirjen Dikti Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 7224/E2.3/T/2012 tanggal 16 Oktober 2012 diperoleh Rekomendasi Perpanjangan Izin Program Studi DIII di STTAL Surabaya.
Sebagai perguruan tinggi yang dikelola Kementerian lain (Kementerian Pertahanan), keberadaan STTAL telah diakui oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Untuk dapat melaksanakan reakreditasi program studi S1 dan akreditasi DIII serta agar bisa masuk dalam sistem Pangkalan Data Perguruan Tinggi (PDPT) Ditjen Dikti, maka STTAL mengajukan Nomor Induk Perguruan Tinggi (NIPT) dan Nomor Induk Program Studi (NIPS) ke Dirjen Dikti. STTAL kini telah mendapatkan NIPT dan NIPS, dan dapat masuk dalam pelaporan Pangkalan Data Perguruan Tinggi Ditjen Dikti. Data kode NIPT STTAL adalah 473001. Sedangkan kode NIPS masing-masing program studi, yang dapat diuraikan sebagai berikut:
Dalam rangka memperbaiki sistem tata pamong yang lebih kredibel, transparan, akuntabel, dan bertanggung jawab, serta dapat menerapkan prinsip-prinsip keadilan sehingga sesuai dengan kebutuhan organisasi, perkembangan lingkungan eksternal dan mengacu pada ketentuan UU Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi, maka STTAL menerbitkan Rencana Induk Pengembangan (RIP) STTAL Tahun 2013-2033 dan Keputusan Kepala Staf Angkatan Laut Nomor Kep/45/I/2013 tanggal 11 Januari 2013 tentang Statuta Sekolah Tinggi Teknologi Angkatan Laut. Berlandaskan pada RIP dan Statuta yang baru, maka STTAL melakukan perubahan-perubahan yang mendasar dalam tata kelola, kepemimpinan dan penjaminan mutu lembaga pendidikan.
Pada tahun 2013, STTAL mendapatkan mandat dari Kemendikbud untuk membuka program studi Analisis Sistem dan Riset Operasi (ASRO), melalui Surat Mandat Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kemendikbud Nomor 124/E/KR/2013 tanggal 19 Februari 2013 tentang Penugasan Pembukaan Program Pascasarjana Program Studi S2 Analisis Sistem dan Riset Operasi STTAL. Untuk menjalankan roda organisasi yang mewadahi keberadaan program Pascasarjana sesuai mandat dari Ditjen Dikti Kemendikbud tersebut, maka diterbitkan Keputusan Komandan/Ketua STTAL Nomor B/31/2013 tanggal 21 Februari 2013
tentang Organisasi dan Prosedur Sekolah Tinggi Teknologi Angkatan Laut yang berlaku sementara.
Berdasarkan surat mandat dari Ditjen Dikti selanjutnya diterbitkan Surat Keputusan Kasal Nomor Kep/352/III/2013 tanggal 15 Maret 2013 tentang izin Penyelenggaraan Program Pascasarjana Program Studi S2 Analisis Sistem dan Riset Operasi Sekolah Tinggi Teknologi Angkatan Laut (STTAL) dan disusul dengan terbitnya Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 431/E/O/2013 tanggal 27 September 2013 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Analisis Sistem dan Riset Operasi (S2) pada STTAL di Surabaya.
Keberadaan Program Pascasarjana Program studi S2 ASRO di STTAL mendorong untuk merealisasikan ide perubahan baru dalam sistem tata pamong STTAL yang mendapatkan dukungan sepenuhnya dari Komandan Kobangdikal yang waktu itu dijabat oleh Laksamana muda TNI Djoko Teguh Wahojo. Atas inisiator beliau diajukan surat Komandan Kobangdikal kepada Asrena Kasal Nomor B/957/IV/2013 tanggal 30 April 2013 tentang Saran dan Masukan Konsep Perkasal tentang organisasi STTAL, yang ditindaklanjuti dengan diadakannya rapat yang dipimpin oleh Asrena Kasal tentang validasi organisasi STTAL pada hari Selasa, tanggal 7 Mei 2013, bertempat di Rupat Asrena membahas tentang usulan validasi organisasi STTAL.
Pada perkembangan selanjutnya, Kasal, Laksamana TNI Dr. Marsetio memerintahkan secara lisan untuk menyusun naskah akademik tentang validasi organisasi STTAL pada tanggal 12 Juli 2013 di Akademi Angkatan Laut. Perintah tersebut ditindaklanjuti dengan tersusun dan dikirimnya Surat Komandan Kobangdikal kepada Kasal Nomor B/1518/VII/2013 tanggal 16 Juli 2013 tentang Naskah Akademik Reposisi Kedudukan dan Tugas Pokok STTAL. Pokok-pokok isi surat adalah: (1) pengajuan jabatan Komandan STTAL adalah Laksma/Brigjen, (2) STTAL menjadi Balakpus Mabesal, (3) jumlah jabatan kolonel 8 Jabatan.
Naskah akademik mendapatkan tanggapan positif dalam rapat di Rupat Wakasal Mabesal yang dipimpin Kasal pada tanggal 17 Juli 2013. Hasil rapat merekomendasikan adanya beberapa revisi naskah akademik. Selanjutnya diajukan kembali revisi naskah akademik berdasarkan Surat Komandan Kobangdikal kepada Kasal Nomor B/1667/VIII/2013 tanggal 7 Agustus 2013 tentang Naskah Akademik Reposisi Kedudukan dan Tugas Pokok STTAL. Pokok-pokok isi surat adalah: (1) pengajuan jabatan Komandan STTAL adalah Laksma/Brigjen, (2) STTAL Balakpus Mabesal, (3) jumlah jabatan kolonel 7 Jabatan. Berdasarkan surat Komandan Kobangdikal tersebut, selanjutnya terbit Surat Kasal kepada Panglima TNI Nomor B/255-02/03/19/Set tanggal 2 Oktober 2013 tentang Usulan Validasi, Reposisi dan Peningkatan Organisasi STTAL Menjadi Balakpus Mabesal.
Pada tanggal 24 Maret 2014 Asrenum Panglima TNI menyelenggarakan Rapat Revisi Perpres RI Nomor 10 tahun 2010 di Jakarta, Dalam rapat tersebut Asrenum Panglima TNI memutuskan untuk tidak memproses lanjut usulan STTAL tersebut kedalam proses revisi Perpres RI Nomor 10 tahun 2010.
Mengingat urgensi validasi, reposisi dan peningkatan organisasi STTAL sangat mendesak saat itu apalagi bersamaan dengan akan diadakannya Akreditasi Institusi Perguruan Tinggi (AIPT) oleh BAN PT Kemendikbud yang pendaftarannya berakhir pada tanggal 10 Agustus 2014, maka dibentuk tim Panja percepatan validasi, reposisi dan peningkatan organisasi yang diketuai oleh Komandan Kobangdikal yang waktu itu dijabat oleh Laksamana Muda TNI Widodo, SE.,M.Sc. Tim Panja melaksanakan penghitungan beban kerja dan merumuskan kembali konsep validasi, reposisi dan peningkatan organisasi STTAL sesuai dengan kebutuhan TNI/TNI AL dan ketentuan perundang-undangan. Tim Panja menyarankan untuk mengajukan surat usulan ulang validasi, reposisi dan peningkatan organisasi STTAL, yang ditindaklanjuti dengan pengiriman surat Kasal kepada Panglima TNI Nomor B/295-02/03/19/Set tanggal 18 Agustus 2014 tentang Usulan Ulang Validasi, Reposisi dan Peningkatan Organisasi STTAL menjadi Balakpus Mabesal.
Setelah mendapatkan masukan dan referensi yang menguatkan urgensi validasi, reposisi dan peningkatan organisasi STTAL maka Mabes TNI merespon usulan tersebut untuk dibahas dalam rapat bersama Panglima TNI. Pada akhirnya tepat pada hari Selasa, tanggal 9 September 2014 bertempat di Ruang Rapat Kantor Panglima TNI jalan Merdeka Barat Jakarta Pusat, Panglima TNI, Jenderal TNI Dr. Moeldoko memutuskan untuk menyetujui validasi, reposisi dan peningkatan organisasi STTAL, yang semula STTAL di bawah Kobangdikal kini menjadi Badan Pelaksana Pusat Mabes TNI AL. Struktur jabatan Komandan STTAL juga mengalami peningkatan yang semula dijabat oleh Perwira Menengah berpangkat Kolonel Mantap dinaikkan menjadi Perwira Tinggi Bintang Satu berpangkat Laksamana Pertama TNI atau Brigadir Jenderal TNI Marinir.
Komandan Kobangdikal yang saat itu dijabat oleh Laksamana Muda TNI Ari Atmadja, SE., selanjutnya melaksanakan likuidasi organisasi STTAL dari Kobangdikal melalui sebuah Upacara Likuidasi Organisasi STTAL pada hari Jum’at, tanggal 14 November 2014. Tepat pada hari Senin, tanggal 17 November 2014, STTAL diresmikan menjadi organisasi Badan Pelaksana Pusat Mabes TNI Angkatan Laut oleh Kepala Staf Angkatan Laut, Laksamana TNI Dr. Marsetio, bersamaan dengan peresmian gedung Pascasarjana yang baru selesai dibangun.